Ninja Assassin ติดตามไรโซ่ (เรน) หนึ่งในบรรดานักฆ่ามือพระกาฬของโลก เขาถูกจับตัวไปตั้งแต่ยังเด็ก และถูกสร้างให้แปลงเป็นนักฆ่ามือโปรโดย โอซูนุ แคลนลาน กับกลุ่มลับที่เชื่อกันว่ามีเพียงในเรื่องเก่าก่อน แต่เขาถูกหลอนด้วยการที่แคลนลานสังหารเพื่อนของเขาอย่างใจร้าย ไรโซ่ก็เลยหนีพวกเขาไปสู่อิสระและล่องหนไป ในขณะนี้เขาคอย และเตรียมที่จะลงมือล้างแค้น
ในเบอร์ลิน สายลับยูโรโพล มิค่า คอเรตว่ากล่าว (ท้องนาโอมี แฮร์ริส) สะดุดเข้ากับร่องรอยของเงินที่โยงการฆาตกรรมทางการเมืองเข้ากับเครือข่ายใต้ดินของพวกมือสังหารที่ไร้ร่องรอยจากตะวันออกไกล มิค่าท้าคำบัญชาของไรอัน แมสโลว์ (เบน ไมล์ส) ซึ่งเป็นผู้บังคับบัญชา เธอขุดลึกลงไปในแฟ้มลับสุดยอดเพื่อได้ทราบถึงความเป็นจริงเบื้องหลังการฆาตกรรม การไต่สวนที่ทำให้เธอตกเป็นจุดมุ่งหมาย และโอซูนุ แคลนลานส่งทีมนักฆ่า ซึ่งนำโดยทาเคชิ (ริค ยูน) มาเพื่อปิดปากเธอตลอดกาล ไรโซ่ช่วยมิค่าจากบรรดาผู้ทำร้ายร่างกาย แต่เขารู้ดีว่าแคลนลานจะไม่มีทางอยู่นิ่งจนกระทั่งเขาทั้งสองจะถูกกำจัด ด้วยชีวิตที่แขวนอยู่กับเกมแมวไล่หนูตามถนนของยุโรป ไรโซ่และมิค่าจึงควรวางใจกันและกันถ้าหากยังหวังจะเอาชีวิตรอด …และลบล้างโอซูนุ แคลนลานผู้ลึกลับลงให้สำเร็จ