กัปตัน อเมริกา 3 ซีวิลวอร์ เรื่องเริ่มจากการหลบหนีของวายร้าย Nitro จากที่คุมขังเหล่า Super Villian บนเกาะRYKER และขณะหนีการจับกุมก็ได้สร้างความเสียหายต่อ โรงเรียนประถมที่อยู่ละแวกนั้นรวมถึงกลุ่มNew Warriorsบางส่วนได้เสียชีวิตจากเหตุการณ์ครั้งนี้ ทางรัฐบาลของusa ก็ไม่นิ่งนอนใจกับเรื่องดังกล่าว และได้ขอร้องให้กลุ่มเหนือมนุษย์ต้องมาขึ้นทะเบียนกับทางรัฐ โดยจะต้องเปิดเผยตัวตนที่แท้จริงให้ประชาชนได้รับรู้ และจะต้องถูกปกครองด้วยรูปแบบพิเศษ